3ヶ月前の刑事汚職事件で人質となり、自ら銃弾を受けたジェーン・リゾーリは、ヒーローとして表彰される。そこで高校時代の恋人ケイシーと再会し２人は急接近…だが穏やかな時間も束の間、恐ろしい爆発事件が起こってしまう・・・。
リゾーリとアイルズは、スパに出掛け解放感にあふれる時間を楽しんでいた。だがそんな時、妊娠中の女性が殺害され、２人は騒ぎに巻き込まれてしまう・・・。 被害者は代理母、２人はその複雑な背景を探り始める。
フリート・ウィークで若い海兵隊員たちがボストンに上陸しリゾーリとアイルズは色めき出っていた。そんなある日、一人の少女が遺体で発見されリゾーリは現場に駆けつける。一方、アイルズは肉体美が自慢の修理工と恋に堕ちる・・・。
白昼堂々、警察官の娘が、弟の目の前で誘拐される。リゾーリと殺人課チームは、彼女を捜し出すために全力を尽くす。だが、そんな時、別の少女が遺体で発見される…。その事件と娘の誘拐事件との関連を疑うリゾーリたち・・・無事救い出す事は出来るのか？
リゾーリとアイルズは、野球チーム“ボストン・ピルグリムズ”のコーチがロッカールームで死亡しているのが発見されたとの連絡を受ける。調査のために駆けつけると、チームのオーナーとスター選手たちが、チーム体制に関して闘争していた。一方、リゾーリのもう一人の弟であるトミーが、服役を終えて家に帰ってくるのだが・・・
アメリカ独立戦争の再現イベントが行われる中、一人の兵士が遺体で発見される。殺人現場になってしまった会場で、アメリカの歴史に詳しいアイルズの知識が事件解決に役に立つ。そんな中、才気あふれるアイルズの母コンスタンス・アイルズがアート展のためボストンを訪れる。
現代の“魔女狩り”ともいえる事件が発生し、リゾーリと殺人課チームは現場であるセーラムという町へ向かう。そのころ、フランキーの昔の恋人が衝撃的な事実と共にボストンへ戻ってくる。その状況に対し、リゾーリははっきりと自分の意見を伝える。
強盗の実行中、何らかの理由で殺されたと思われる男の遺体が見つかる。調査のため、リゾーリとアイルズは男の家族関係をあたり始める。そんな中、アイルズと過去に恋愛関係にあったミステリアスな男が、突如あらわれる。これをきっかけに、アイルズが何か隠しているのではないかとリゾーリは疑い始める。
若い女性が遺体で発見され、リゾーリたちが捜査を始めると、女性が港湾労働者として働いていた港はマフィアと関連性があることが発覚。さらに、そのことがアイルズの実父とつながることも明らかに・・・一方、リゾーリは受けるべき感受性トレーニングを避けようとする。また、アイルズはリゾーリの弟トミーと親密になり、そのことがリゾーリを悩ませる。
服役中だった男が、刑務所から釈放される前日に、刑務所のバスルームで殺害される。リゾーリとアイルズが刑務所に駆けつけると、連続殺人鬼のチャールズ・ホイトが事件に関する手掛かりを持っていると宣言したため、再会せざる負えなくなる。一方、フランキーは何か月間も準備をしてきた刑事の試験をついに受けることに。
地域コミュニティーの活動家が凶弾に倒れる。犯人逮捕のため、勇敢な目撃者が証言台に立ち、過去に15人殺害した疑いのあるギャングの一員の名前を挙げる。刑事たちは、美人地方検事補ヴァレリーと共に懸命になりギャングを収監しようと動く。そんな中、テレビ番組の司会者ビル・オライリーが本のサイン会と、警察への批判を放送するため街を訪れる。
強盗侵入時に銀行の支店長が殺害される。事件解決のため、ボストン市警の殺人課はFBIと協力し全力を挙げるのだが、規律主義のFBI捜査官アンナ・ファレルはフロスト刑事と複雑な関係にあるらしいことが明らかに・・・また、リゾーリの弟トミーはアイルズとの関係を深めるにつれて様々な困難に直面する。
高校の同窓会に参加するため、リゾーリはアイルズの車で母校を訪れる。しかし、楽しい時間も長くは続かずリゾーリのクラスメイトがフットボールの競技場で遺体となって発見される。クラスメイト全員が容疑者であり得る状況で、リゾーリは過去に焦点を当てて捜査を始める。一方、コーサックの前に前妻のメロディが訪れ彼に自分が始めたビジネスへの投資について打診する。
スター選手の母親が刺殺される事件が起こり、ダンス競技会の華やかな会場は、一転して殺人現場となる。リゾーリと殺人課チームが調査をしていると、殺害された女性の過去に不可解な点を発見。また、コーサックは義理の息子が警官を撃った容疑で起訴され、その対応におわれてしまう。
倉庫の火事が原因で、一人の男性が死亡する。リゾーリとアイルズは、そこに事件性があるのか、ただの事故なのかを調べるため現場に向かう。しかし、ひき逃げ事件によりある人物が病院に運ばれると、二人の前に新たな問題が立ちはだかる。一方、FBI捜査官ガブリエル・ディーンはリゾーリとの関係を取り戻したいという思いを抱く。
